Skončila druhá světová válka, všude panovala radost a víra ve šťastnou budoucnost. Školní rok 1946/47 měl tehdy velmi slavnostní začátek. Rovněž i jeho konec byl radostný, neboť ve dnech 10. a 11. května 1947 uspořádala studentská samospráva spolu se školou pro ženská povolání první poválečný majáles. Byl zahájen turnajem v kopané za účasti gymnázií z Prahy XII - Slovenské ulice, z Českých Budějovic, Jihlavy a Pelhřimova. Následoval promenádní koncert a po 18. hodině bylo náměstí svědkem velkého fotbalového střetu Římanů a Numiďanů. Jako fotbalové branky posloužily městské brány Solní a Jihlavská. Večer byla zahájena v hotelu Záložna studentská akademie, na níž se střídaly vážná hudba a zpěv s recitací a sokolským cvičením. V neděli odpoledne vyšel z Masarykova náměstí průvod s ústavním praporem, hudbou, profesorským sborem, skupinou krojovaných dívek a s osmi alegorickými vozy. Došel až do Sadů, kde byl lidová zábava a karneval. Tímto majálesem jakoby skončilo nadějné období svobodného a radostného rozvoje školy. O prázdninách 1947 postihly gymnázium dvě tragické události. Dne 8. července 1947 náhle zemřel ve věku čtyřicet tři roků profesor češtiny a francouzštiny František Teinitzer a 27. července byl zabit bleskem při koupání žák VI.A Dalibor Lipský, nadaný herec, který již účinkoval v několika filmech. Jako by to byla předehra dalších smutných událostí následujících let ...

Zatímní správce ústavu, Dr. Jindřich Šmída, byl jmenován ředitelem, ne však na dlouho. Byl aktivním členem komunistické strany a jeho postavení stoupalo. Ve volbách 30. května 1948 byl jmenován poslancem KSČ za Kraj táborský. Naposled se s ním naše gymnázium setkává, když na úvodní poradě oznámí, že student třídy VII.B Oldřich Špilar a dva žáci třídy VII.A Josef Svoboda a Stanislav Maršík překročili hranice Československa a jejich čin prohlásil za vlastizrádný a navrhl vyloučení ze všech škol po celém státě. Vyloučení navrhl i pro žáka VIII.B Stanislava Vilímka, který se pokusil hranice překročit, ale byl zadržen a zatčen.

Nenápadně a pomalu se začal rozvíjet plán na likvidaci gymnázií. »Nespolehliví« profesoři byli přesouváni na nižší stupeň a gymnázium se transformovalo na čtyřtřídní (původní I. - IV. třídy byly začleněny do nižšího stupně školy). Název »gymnázium« se ještě nějakou dobu udržel. Dne 1. prosince 1950 byl jmenován ředitelem školy Rudolf Řasa a s ním utužení politického tlaku. Téměř okamžitě se »dosadil« do čela základní organizace komunistické strany a začal ji »přebudovávat«. Proti tomu se vznesla vlna odporu ze strany studentů, a tak se Rudolf Řasa obrátil o pomoc na okresní a krajský výbor Československého svazu mládeže. Na jejich nátlak členové studentského výboru rezignovali.

V roce 1951 bylo těsně před maturitními zkouškami z gymnázia vyloučeno devět žáků:


Některým vyloučeným studentům se podařilo později maturitu vykonat, ale bylo jich také několik, kteří se už znovu o podání žádosti k vykonání maturity nepokoušeli.

Maturitní zkoušky v roce 1951 opět doznaly určité změny, které předznamenávaly postupné snižování jejich úrovně. Latina se stala pouze výběrovým předmětem. Písemné zkoušky byly omezeny na jazyk český, ruský, ústní pak na češtinu, ruštinu, matematiku a výběrový předmět, kde kromě latiny se mohla zvolit ještě fyzika, dějepis a chemie. Školním rokem 1952/53 skončila existence gymnázií. Podle sovětského vzoru byla důsledně budována jednotná škola.